随着学科的不断完善发展和国内外优秀人才的注入，中国农业大学动物医学院的科研实力得到进一步增强.依托我院资源优势建有农业部预防兽医学重点开放实验室、国家动物海绵状脑病实验室、国家兽药安全评价中心、农业部兽药安全监督检验测试中心（北京）、国家动物寄生原虫实验室等多个研究中心和重点实验室，在“211工程”一期建设和二期建设中先后投入1500万元人民币，购置了大量的先进仪器和设备，进一步改善了科研条件。2004年“985工程”建设项目正式启动。

1990～2004年我院主持或参加国家863、973、国家科技攻关项目、国家自然科学基金项目等重大科研项目达260多项，横向科研经费达5550多万元。科研成果鉴定10余项，科研获奖40余项，申请专利10余项，发表论文2300余篇，发表SCI论文50多篇，著作150多部，大大地推动了我院的科技发展与进步，促进了人才的培养。 在从事科学研究的同时，学院自1990年来培养硕士研究生361人、博士研究生149人。从2001年开始招收兽医专业学位硕士、博士研究生，目前已有26人获兽医博士学位，68人获兽医硕士学位。1993年我院被批准建立博士后流动站，目前已出站的博士后有8人，2名博士后在站工作。

学院国际学术交流活跃，自建系初期开始招收外国留学生，并派出200余人次赴国外进行学术交流、攻读硕士博士学位或进行博士后研究，累计接待来访的外国专家和外国代表团总计500余人次。与英国爱丁堡大学、美国明尼苏达大学、美国田纳西大学、韩国汉城大学等多所国际知名大学经常进行互访，学院与国外的科技交流与合作日益扩大和加强，信息来源广泛而快捷，紧密追踪世界兽医科学的先进技术与理论，使得我院的在国内外的声誉和地位越来越高，影响越来越大。