姓名：沈应博
性别：男
职称：副教授
学位：博士
所在系：基础兽医系
导师类型：硕士生导师
出生年月：1991.07
电子邮件：shenyb@cau.edu.cn
办公电话：010-62733875
个人简介
入选“2019年博士后创新人才支持计划”，主持重点研发计划子课题、国家自然科学基金面上项目、青年基金项目和中国博士后科学基金面上项目各一项。自2014年以来主要从事细菌耐药性形成、传播机制和风险分析等研究，通过流行病学调查与大数据关联分析挖掘耐药细菌传播的路径与风险因素，利用生物信息学和分子生物学手段研究耐药菌/耐药基因的形成和传播机制，以第一作者或通讯作者（含并列）在Lancet Infectious Diseases，Nature Microbiology，Environment International，mBio等期刊发表SCI论文15篇。
教育经历
2009年9月-2014年6月，中国农业大学，动物医学，学士
2014年9月-2019年6月，中国农业大学，基础兽医学，博士
工作经历
2019年7月-2021年10月，中国科学院微生物研究所，博士后
研究领域
1、细菌耐药性形成、传播机制
2、细菌耐药性风险评估
3、肠道微生物组与耐药组
获奖及荣誉
1、12th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM XII)大会Most Rated Poster奖
2、2019年中国农业大学优秀毕业生和优秀博士学位论文
3、2018年第二届全国农林院校研究生学术科技作品竞赛一等奖
4、2018年研究生（博士生）国家奖学金和中国农业大学校长奖学金
教学工作
参讲《兽医基因组学和生物信息学》。
在研项目
1、国家自然科学基金面上项目，重排子影响mcr-1阳性IncI2质粒接合转移的机制研究，2023.01-2026.12，55万元，在研，主持
2、“十四五”重点研发计划子课题，养殖环境中猪鸡大肠杆菌耐药性共筛选与共传播机制，2022.11-2025.12，62.5万元，在研，主持
3、国家自然科学基金青年科学基金项目，黏菌素压力下mcr-1阳性大肠杆菌适应性演化及其质粒传播的分子机制，2021.01-2022.12，16万元，结题，主持
4、博士后创新人才支持计划，畜禽养殖场中多黏菌素耐药性变迁规律及其分子机制研究，2019.05-2021.05，60万元，结题，主持
5、中国博士后科学基金第67批面上资助二等，可转移黏菌素耐药基因mcr-1沉默及其激活的调控机制，2020.06-2021.06，8万元，结题，主持
代表性文章
(1) Shen Y(#), Zhang R(#), Shao D, Yang L, Lu J, Liu C, Wang X, Jiang J, Wang B, Wu C, Parkhill J, Wang Y, Walsh TR(*), Gao GF(*), Shen Z(*).Genomic Shift in Population Dynamics of mcr-1-positive Escherichia coli in Human Carriage. Genom Proteom Bioinf, 2022, 20(6): 1168-1179.
(2) Shen Y(#), Hu F(#), Wang YQ(#), Yin D(#), Yang L(#), Chen Y, Xu C, Li JY, Jiang J, Wang X, Fu Y, Shao D, Liu D, Ma T, Cai C, Shen Z, Wang S, Li J, Zhang R, Ke Y, Wu C, Shen J(*), Walsh TR(*), Wang Y(*). Transmission of carbapenem resistance between human and animal NDM-positive Escherichia coli strains. Engineering, 2022, 15:24-33.
(3) Lv Z(#), Shen Y(#), Liu W(#), Ye H, Liu D, Liu J, Fu Y, Peng C, Chen K, Deng X, Liu B, He J, Yang L, Xu C, Cai C, Wang Y, Ke Y(*), Shen J(*). Prevalence and risk factors of mcr-1-positive volunteers after colistin banning as animal growth promoter in China: a community-based case-control study. Clin Microbiol Infect, 2022, 28(2): 267-272.
(4) Yin W(#), Ling Z(#), Dong Y(#), Qiao L(#), Shen Y(#), Liu Z, Wu Y, Li W, Zhang R, Walsh TR, Dai C, Li J, Yang H, Liu D, Wang Y(*), Gao GF(*), Shen J(*). Mobile Colistin Resistance Enzyme MCR-3 Facilitates Bacterial Evasion of Host Phagocytosis. Adv Sci, 2021, 8(18): e2101336.
(5) Wang Y(#), Xu C(#), Zhang R(#), Chen Y(#), Shen Y(#), Hu F(#), Liu D, Lu J, Guo Y, Xia X, Jiang J, Wang X, Fu Y, Yang L, Wang J, Li J, Cai C, Yin D, Che J, Fan R, Wang Y, Qing Y, Li Y, Liao K, Chen H, Zou M, Liang L, Tang J, Shen Z, Wang S, Yang X, Wu C, Xu S(*), Walsh TR(*), Shen J(*). Changes in colistin resistance and mcr-1 abundance in Escherichia coli of animal and human origins following the ban of colistin-positive additives in China: an epidemiological comparative study. Lancet Infect Dis, 2020, 20(10): 1161-1171.
(6) Shen Y(#), Zhang R, Schwarz S, Wu C, Shen J, Walsh TR, Wang Y(*). Farm animals and aquaculture: significant reservoirs of mobile colistin resistance genes. Environ Microbiol, 2020, 22(7): 2469-2484.
(7) Shen Y(#), Lv Z(#), Yang L(#), Liu D(#), Ou Y, Xu C, Liu W, Yuan D, Hao Y, He J, Li X, Zhou Y, Walsh TR, Shen J, Xia J, Ke Y(*), Wang Y(*). Integrated aquaculture contributes to the transfer of mcr-1 between animals and humans via the aquaculture supply chain. Environ Int, 2019, 130:104708.
(8) Shen Y(#), Zhou H(#), Xu J, Wang Y, Zhang Q, Walsh TR, Shao B, Wu C, Hu Y, Yang L, Shen Z, Wu Z, Sun Q, Ou Y, Wang Y, Wang S, Wu Y, Cai C, Li J, Shen J(*), Zhang R(*), Wang Y(*). Anthropogenic and environmental factors associated with high incidence of mcr-1 carriage in humans across China. Nat Microbiol, 2018, 3(9): 1054-1062.
(9) Shen Y(#), Wu Z(#), Wang Y, Zhang R, Zhou HW, Wang S, Lei L, Li M, Cai J, Tyrrell J, Tian GB, Wu C, Zhang Q, Shen J, Walsh TR(*), Shen Z(*). Heterogeneous and Flexible Transmission of mcr-1 in Hospital-Associated Escherichia coli. mBio, 2018, 9(4): e00943-18.
(10) Shen Y(#), Yin W, Liu D, Shen J, Wang Y(*). Reply to Cabello et al., “Aquaculture and mcr Colistin Resistance Determinants”. mBio, 2018, 9(4): e01629-18.
(11) Shen Y(#), Xu C(#), Sun Q, Schwarz S, Ou Y, Yang L, Huang Z, Eichhorn I, Walsh TR, Wang Y, Zhang R(*), Shen J(*). Prevalence and Genetic Analysis of mcr-3-Positive Aeromonas Species from Humans, Retail Meat, and Environmental Water Samples. Antimicrob Agents Chemother, 2018, 62(9): e00404-18.
(12) Wang Y(#), Tian GB(#), Zhang R(#), Shen Y(#), Tyrrell JM, Huang X, Zhou H, Lei L, Li HY, Doi Y, Fang Y, Ren H, Zhong LL, Shen Z, Zeng KJ, Wang S, Liu JH, Wu C, Walsh TR(*), Shen J(*). Prevalence, risk factors, outcomes, and molecular epidemiology of mcr-1-positive Enterobacteriaceae in patients and healthy adults from China: an epidemiological and clinical study. Lancet Infect Dis, 2017, 17(4): 390-399.
(13) He T(#), Shen Y(#), Schwarz S(#), Cai J, Lv Y, Li J, Fessler AT, Zhang R, Wu C, Shen J, Wang Y(*). Genetic environment of the transferable oxazolidinone/phenicol resistance gene optrA in Enterococcus faecalis isolates of human and animal origin. J Antimicrob Chemother, 2016, 71(6): 1466-1473.
(14) 沈应博(#), 史晓敏(#), 汪洋, 沈建忠, 王少林(*). 全基因组测序与生物信息学分析在细菌耐药性研究中的应用. 生物工程学报, 2019, 35(4):541-557
(15) 王雪杨, 蒋君瑶, 杨璐, 邵东延, 吴聪明, 沈建忠, 沈应博(*), 汪洋(*). 中国农业科学, 2022, 55(14): 2862-2874.
