基础兽医学系下设动物解剖学与组织胚胎学、兽医病理学与公共卫生学、兽医药理学与毒理学、兽医生物医学四个教研组，现有教授（含研究员）14名、副教授（含副研究员）18名，高级实验师3名。主要承担除动物生理学和动物生物化学之外基础兽医学二级学科之下三级学科，包括动物解剖学、家畜组织学与胚胎学、兽医病理学、兽医药理学、动物毒理学、细胞生物学等学科的教学与科研任务，另外还承担着动物性食品卫生学、兽医公共卫生学等学科的教学与科研任务。基础兽医学系依托多个科研平台，每年为全国10余家企业开展新兽药安全性和有效性评价试验，不仅有力促进了我国的新兽药创制工作，而且获得了可观的经费以维持平台的运转并对相关学科教学科研工作提供有力支持。